長榮與立榮航空計劃自8月31日起，陸續開航兩岸定期航班，第一階段飛航之航點計有北京、上海、廣州、杭州、昆明、廈門、深圳、天津、大連、寧波、成都、青島等12個航點，18條航線。另武漢、重慶等2個航點，則預定於9月28日開始陸續飛航，總計長榮與立榮航空總班數有55至56班。計劃開航日期及飛航時間，正向大陸相關主管機關提出申請中，為方便旅客安排行程，即日起預先接受旅客訂位。

長榮與立榮航空共同表示，為充分運用兩岸航權及因應市場需求考量，將以最適當機型經營兩岸航線，原則上桃園出發之航班，以長榮航空777-300ER、A330-200、747-400為主要營運機型，台中、松山出發之航班則由立榮航空MD-90飛航，高雄出發之航班依航點不同機型不一。

長榮與立榮航空第一階段飛航之兩岸航線，每週預定飛航之航班如下：

• 華北地區：桃園—北京5班、桃園—天津2班、桃園—大連2班
• 華東地區：桃園—上海9班、高雄—上海2班、桃園—杭州7班、台中—杭州1班、高雄—杭州2班、桃園—寧波5班、高雄—寧波1班、桃園—青島2班
• 華中地區：桃園—昆明2班、高雄—成都1 班
• 華南地區：松山—廈門2班、台中—廈門1班、桃園—廣州3班、桃園—深圳3班、高雄—深圳1 班、台中—深圳1班

第二階段飛航之桃園—武漢2班、桃園—重慶2班。 
長榮與立榮航空共同表示，上海、杭州、寧波為長江三角洲之主要城市，城市間之距離約為兩個小時車程，長榮與立榮航空每週共計飛航27班，是往返長江三角洲航班最密集的航空公司。此外，長榮航空為唯一同時飛航桃園—北京、桃園—天津兩條航線之航空公司，藉由連結北京與天津車程僅需30分鐘之京津城際高速列車，將可提供前往北京或天津旅客最便利的選擇。

為使旅客行程安排更便捷，搭乘長榮航空班機由台灣出發至大陸的旅客，回程可享有同區域多點選擇。例如可由桃園飛北京，再由天津返回高雄。對大陸到台灣的旅客也可由上海來桃園，再由高雄飛回杭州。  

在貨機航班部份，長榮航空桃園—上海航線每週飛航3班，以747-400貨機飛航，並與中國國際貨運航空公司採互換艙位之方式進行合作，桃園—廣州貨機航線則視市場或客戶需求，採不定期航班之方式飛航。長榮航空貨機航班及長榮與立榮航空之客機腹艙載貨，每週往返大陸直航點，共可提供2400噸貨運艙容量之貨運服務。

長榮航空已於北京、上海、廣州、廈門設有辦事處，未來亦將與立榮航空分別於各飛航航點籌設辦事處，預期八月底前可陸續掛牌營業。